En el proceso con EMDR, el terapeuta trabaja con el paciente para identificar un problema específico que será el foco del tratamiento. El paciente describe el incidente traumático, a partir del cual es ayudado por el terapeuta para que seleccione los aspectos más importantes y que más lo angustian de dicho incidente. Mientras el paciente hace movimientos oculares (o cualquier otra estimulación bilateral) le vienen a la mente otras partes del recuerdo traumático u otros recuerdos. El terapeuta interrumpe los movimientos oculares cada tanto para asegurarse que el paciente esté procesando adecuadamente.
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​El terapeuta guía el proceso, tomando decisiones clínicas sobre la dirección que debe seguir la intervención. La meta es que el paciente procese la información sobre el incidente traumático, llevándolo a una "resolución adaptativa". En las palabras de Francine Shapiro, esto significa:
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a) una reducción de los síntomas
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b) un cambio en las creencias
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c) la posibilidad de funcionar mejor en la vida cotidiana
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El abordaje empleado en EMDR se sustenta en tres puntos:
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1) experiencias de vida temprana
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2) experiencias estresantes del presente
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3) pensamientos y comportamientos deseados para el futuro
La meta para APAI por tanto, es que aquellos pacientes que trabajen a través del EMDR reprocesen la información sobre el incidente traumático, llevando éste a una resolución más adaptativa, permitiéndoles reducir los síntomas de malestar, favoreciendo el cambio en las creencias desajustadas y por tanto posibilitando funcionar más adaptativamente en las diferentes demandas contextuales.